Sau khi dẹp xong nhà Mạc, năm Bính Ngọ (1666) đời vua Lê Huyền Tông, triều đình bàn luận công lao, xếp ông Vũ Duệ đứng đầu trong số 13 người công thần tử tiết. Sau đó, di cốt ông được đem từ Thanh Hóa về quê hương Trình Xá mai táng.

Đền thờ Trạng nguyên Vũ Duệ đầu tiên làm ngay trên mộ của ông phía ngoài đê bên dòng sông Hồng nằm ở đầu làng Trình Xá. Ở cổng đền có ghi 3 chữ "Tiết nghĩa từ", và ở hậu cung có bức hoành phí đề 4 chữ "Vương thất huân lao", đều do vua Lê Huyền Tông ban. Đồng thời, ông cũng được sắc phong là "Thượng đẳng phúc thần"[10].Được dân làng Trình Xá tôn làm thành hoàng làng. Lễ tế chính được tổ chức vào ngày 16 tháng 8 (âm lịch) hàng năm, ngày mất của ông.

Hiện nay có một con đường nằm ở phường Nông Trang, TP Việt Trì, Phú Thọ được đặt theo tên của ông, từ đường Nguyễn Du (qua trường THCS Nông Trang) rồi rẽ trái. Đường này kéo dài cho đến một trường TH gần đó.